در حالی که در ظاهر، یو اوتوساکا فقط یک نوجوان جذاب و باهوش دیگر به نظر می رسد، او یک راز دارد - او این توانایی را دارد که در ذهن مردم جا بیفتد و بدن آنها را به مدت پنج ثانیه به طور کامل کنترل کند. یوو سال ها از این مهارت برای کسب بالاترین نمرات استفاده می کرد و همین امر به او اجازه ورود به یک دبیرستان معتبر را داد. هنگامی که نائو توموری مرموز یوو را با استفاده از قدرت خود دستگیر می کند، او و خواهرش آیومی را مجبور می کند به آکادمی هوشینومی، مدرسه ای برای دانش آموزان با توانایی های ماوراء طبیعی منتقل شوند. شورای دانش آموزی مدرسه به رهبری نائو وظیفه دارد نوجوانانی را که از قدرت خود سوء استفاده می کنند به طور مخفیانه ردیابی کند. یوو مجبور می‌شود به شورای دانش‌آموزی بپیوندد و با هم، با چالش‌های بزرگی روبرو می‌شوند که او را به این حقیقت تکان‌دهنده نزدیک‌تر می‌کند که توانایی او، به ظاهر ناقص، ممکن است قوی‌تر از چیزی باشد که می‌توانست تصور کند. داستانی اصلی از Jun Maeda، خالق Angel Beats و Clannad، شارلوت به بررسی زندگی ماوراء طبیعی این نوجوانان و بهایی که آنها باید برای خاص بودن پرداخت کنند، می پردازد.