داستان انیمیشن یک‌سال بعد از اتفاقات سری انیمه‌ای شکل می‌گیرد. بعد از سفری طولانی درون “خط دنیاها” به خاطر اختراعی به نام “D-Mail”، پیغامی که به گذشته ارسال می‌شود، “رینتارو اوکابه” به خط دنیای “اشتین گیت” می‌رسد. جایی که هیچ‌کدام از دوستان او نمی‌میرند و آینده‌ای که SERN بر آن حکمرانی می‌کند، به دلیل اختراع نشدن ماشین زمان، وجود ندارد. ولی بعد از مدتی، عوارض جانبی سفر به خط دنیاهای مختلف به سراغ “رینتارو” می‌آید. طولی نمی‌کشد که این عوارض باعث ناپدید شدن “رینتارو” می‌شود. تنها کسی که “رینتارو” را به خاطر دارد، “ماکیسه کوریسو” است که قبلاً به خاطر زحمات “رینتارو” از مرگ نجات پیدا کرده است. او با دیدن تصاویر “دژاوو”، “رینتارو” را به خاطر می‌آورد و حالا کوریسو وظیفه‌ی برگرداندن “رینتارو” را به عهده دارد.